他深知，热兰遮城不同于海上的战舰，这是一座坚固的棱堡，强攻必然损失惨重。他采取了稳扎稳打的策略。
“挖！围着红毛城，给本侯挖三道壕沟！一道比一道深，一道比一道近！”郑芝龙下令。
这是他从西洋俘虏和兵书中学到的，对付棱堡的经典战术——平行壕与锯齿壕逼近。
成千上万的大夏士兵和征召来的本地民夫，开始在热兰遮城外数百步的距离上，挖掘第一道平行的壕沟。
泥土被翻出，堆在面向城堡的一侧，形成一道简易的胸墙。
荷兰人的火炮开始零星地射击，试图干扰挖掘工作，但距离尚远，精度有限，效果不大。
数日后，第一道平行壕挖成。郑芝龙将二十门从船上卸下的中型火炮部署到第一道壕沟后的炮位上，开始对热兰遮城的城墙和暴露的炮台进行有规律的炮击。
虽然这些火炮对棱堡主体伤害有限，但有效地压制了守军的火力，并开始破坏城墙上的雉堞和部分突出部。
紧接着，大夏工兵开始从第一道平行壕向前挖掘“之”字形的锯齿形交通壕，向着城堡方向缓慢而坚定地延伸。
这种壕沟可以有效减少守军直射火力的杀伤。荷兰人用火炮和火绳枪猛烈射击，给挖掘工作造成了一些伤亡，但无法阻止壕沟一寸寸地逼近。
“不能让这些黄皮猴子再挖了！组织出击，摧毁他们的壕沟！”揆一下令。
一天深夜，数百名荷兰士兵在夜色的掩护下，悄悄打开侧门，呐喊着冲向最近的一段交通壕。
然而，大夏军对此早有防备。埋伏在壕沟中的鸟铳手和弓箭手立即开火，侧翼的预备队也迅速包抄上来。
夜战中，荷兰人未能讨到便宜，丢下几十具尸体，狼狈地退回城中。而大夏军的壕沟，在第二天继续向前延伸。
围城进入了枯燥而残酷的消耗阶段。每一天，双方都会进行零星的炮击和冷枪狙击。
大夏军的壕沟像蠕动的蚯蚓，不断逼近城堡。而热兰遮城，则如同沉默的巨兽，用猛烈的炮火回应着每一次靠近的企图。
时间一天天过去，郑芝龙的眉头渐渐锁紧。壕沟推进的速度比他预想的要慢，守军的抵抗异常顽强，而大军在外，每日消耗的粮草弹药都是一个惊人的数字。
更重要的是，他心中始终悬着一把剑——巴达维亚的援军。
一旦荷兰援军抵达，内外夹击，战局将瞬间逆转。
“不能等了。”郑芝龙看着地图上那已经推进到距离城堡外墙不足百步的最后一段交通壕，做出了决定。
“传令给甘辉，玄武号和其他几艘吃水较浅的新舰，前出至热兰遮城正面最近的安全距离，用舰炮，集中轰击城堡东南角那段看起来比较旧的城墙！陆师所有火炮，也集中轰击那个区域！”
“玄武”号，是龙江船厂继“青龙”、“白虎”、“朱雀”之后下水的又一级新式战舰，火力更加凶猛。
数日后，这艘黑色的巨兽在几艘护卫舰的簇拥下，驶近热兰遮城。与此同时，陆地上的三十余门各型火炮也调整了炮口。
“目标，敌城东南角墙体——全舰齐射！”
“陆师炮队，目标一致——放！”
随着郑芝龙一声令下，海陆两个方向的炮火，在同一时间发出了怒吼！
数十枚沉重的实心弹，拖着死亡的轨迹，狠狠砸向热兰遮城东南角的一段城墙。
那里据观察和俘虏供述，是城堡早年修建时相对薄弱的部分，后来虽经加固，但仍是可能的突破口。
“轰！轰！轰！轰！”
炮弹如同冰雹般砸落在城墙上，砖石碎屑乱飞，烟尘弥漫。
守军被这突如其来的猛烈炮火打懵了，虽然他们很快组织反击，但“玄武”号等战舰的舰炮威力巨大，且在海面上机动灵活，难以被完全压制。
持续了整整一个上午的猛烈炮击后，东南角城墙的一段，终于出现了明显的裂纹和凹陷。
“停火！”郑芝龙看到效果，下令暂停炮击。
然后，他召来了工兵营的统领和几个从澳门招募的、懂得使用炸药的葡萄牙裔工匠。
“看到那段裂缝了吗？”
郑芝龙指着城墙，“本侯要你们，从最后那条交通壕的尽头，挖一条地道，一直挖到那段城墙的正下方！然后，埋上我们所有的炸药！”
“地道爆破？”工兵统领眼睛一亮，这是攻城战中非常犀利但也非常危险的一招。
“没错！”
郑芝龙目光冷冽，“红毛夷的城堡坚固，强攻伤亡太大。我们就从下面，把它炸上天！你们需要多久？”
葡萄牙工匠估算了一下距离和土质：“侯爷，如果日夜不停，而且红毛夷不发现的话，大概需要……十天