还有一次，一位老妇人因饮食不洁，腹痛腹泻，但又手脚冰凉，畏寒喜暖。若用黄连这类大寒之药，恐其体虚不受。神农斟酌后，取少量黄连清其肠道湿热，又配以温中散寒的生姜，再加少许健脾和胃的甘草调和。老妇人服用后，腹泻渐止，腹痛缓解，且未觉寒冷加重。
这些成功的尝试，让神农的思路豁然开朗。他逐渐总结出一些初步的、朴素的“配伍”原则：
- 主药（君）：针对主要病证，起主要治疗作用的药物。如清热的黄连，驱寒的生姜。
- 辅药（臣）：辅助主药加强治疗作用，或治疗兼证。如用活血药辅以行气药，使血行更畅。
- 佐药：或协助主、臣药治疗次要症状，或制约主、臣药的毒性、烈性，或起到反佐作用（如在大队热药中稍佐寒药，防止格拒）。如用甘草调和诸药，缓和大黄（一种峻下药，神农尚未发现，此处为概念引申）的泻下之力。
- 使药：或引导诸药直达病所，或调和诸药药性。如某些药引（这个概念此时尚模糊）。
这便是后世“君臣佐使”配伍理论的原始雏形。神农将其命名为“主辅调和”之法。他将自己理解的不同药物之间相互促进（相须）、相互辅助（相使）、相互抑制毒性（相畏、相杀）、相互对抗（相恶）、甚至产生新毒性（相反）的复杂关系，也用简单的符号记录下来。
日积月累，他记录、验证、确认的具有明确药效的草木，达到了三百六十五种之多。他按照性味（寒、热、温、凉、平）、功效（清热、驱寒、补益、泻下、活血、解毒等）、有毒无毒、主要生长环境等，分门别类，整理归纳。
这一日，他回到了烈山氏部落。此时的部落，瘟疫早已在他不断送回的药方指导下，得到了控制。族人见他归来，形容虽然清瘦黧黑，衣衫褴褛，但精神矍铄，目光清澈睿智，如同脱胎换骨。他带回的，不仅仅是治好了瘟疫的药方，更是一整套关于疾病与药物的、前所未闻的知识体系。
神农没有休息。他立刻召集了族中几位头脑聪慧、心性沉稳的年轻人，包括那位曾经被他救治的猎户的儿子，以及几位对辨识草药表现出兴趣的族人。他在部落中央，一棵古老的大树下，清理出一片平整的空地。
“从今日起，我将我所知的草木药性，治病之法，尽数传授于尔等。” 神农的声音沉稳有力，带着长途跋涉后的沙哑，却蕴含着不容置疑的智慧与权威。他面前摆放着一块块刻满符号的石板，一捆捆写满图画的树皮，还有分门别类摆放的草药样本。
“此为‘甘草’，性平味甘，能调和诸药，解毒缓急……”
“此为‘黄连’，大苦大寒，善清心胃之火，治热痢疮疡……”
“此为‘生姜’，辛温发散，可祛风寒，止呕吐……”
“治病之道，首辨寒热虚实。寒者热之，热者寒之，虚者补之，实者泻之……”
“用药如用兵，有主有辅，有攻有守，需得相互配合，方能克敌制胜，而又不伤自身……”
他讲得深入浅出，结合具体病例，将那些用血泪甚至生命换来的知识，毫无保留地倾囊相授。他教他们辨认草药，讲解性味功效，传授“主辅调和”的配伍原则，强调“辨证施治”的重要性。他要求弟子们不仅要学，更要亲手去尝（在他的指导和保护下，从最平和的药草开始），去观察，去记录。
“光有药还不够，还需有人会用，能治。” 神农对父亲少典和长老们说，“我欲在部落中，设‘医者’之职。挑选心性仁善、细致耐心之人，随我学医。学成之后，便专职为族人诊病疗伤，采集炮制药物。寻常小病，可及时救治；若遇疑难或瘟疫，也可集思广益，不至束手无策。”
少典族长与长老们亲眼见证了神农以医药控制瘟疫、救治族人的奇迹，对此提议全力支持。很快，烈山氏部落中，第一批专职的“医者”诞生了。他们在神农的带领下，辨识草药，学习医理，尝试为族人诊治简单的病痛。神农将自己整理记录的、包含三百六十五味药物性味功效、配伍禁忌、主治病症的知识，系统性地刻录在特制的、经过鞣制处理的较大兽皮之上，图文并茂，更便于保存和传阅。这部凝结了他无数心血、甚至冒着生命危险得来的著作，被命名为——《神农本草经》。
虽然此时的《本草经》还比较原始，记录不够详尽，分类也显粗糙，但它如同在漫漫长夜中点燃的第一堆篝火，照亮了人族对抗疾病、认识自身与自然关系的最初道路。它不仅仅是一本药书，更是一个体系的开端，一种观念的奠基：疾病并非不可战胜的妖魔，而是可以用自然之物调理的身体失衡；医药之学，是可以通过学习、实践、总结来掌握的知识，而非巫祝的专属。
看着弟子们认真辨识草药的身影，看着因得到及时医治而恢复健康的族人脸上的笑容，看着那卷承载着希望与智慧的兽皮，神农疲惫的脸上，露出