就在新文明加入联盟后的第三个月，联盟的宇宙全域监测网络突然捕捉到了多股黑暗能量信号。这些信号来自不同的星系，能量强度虽然不高，但具有明显的协同性，显然是黑暗余孽在暗中勾结，策划着一场联合反扑。
天枢星联盟联合指挥中心内，田浩然、霍仙姑、王凯旋、雪莉杨等联盟核心成员，以及各文明的军事代表，紧急汇聚一堂，围绕着黑暗余孽的反扑计划展开紧急会议。全息屏幕上，清晰显示着黑暗能量信号的分布区域与联盟的防御部署，气氛凝重而严肃。
“根据监测网络的追踪与分析，此次参与反扑的黑暗余孽约有十股，总计约五百艘战舰，分散在三个不同的星系，计划同时对联盟的三个边境防御阵地发起攻击。” 雪莉杨脸色凝重地汇报，“这些黑暗余孽虽然数量不多，但都是经历过多次战役的精锐，掌握着一定的隐形技术与反监测技术，且熟悉联盟的部分防御体系，具有一定的威胁性。”
霍仙姑通过秘术感知着黑暗余孽的能量特性：“这些黑暗余孽的黑暗能量经过了一定的变异，侵蚀性更强，且带有一定的传染性，能够快速污染周边的宇宙环境与生物。他们的目标很可能是破坏联盟的边境防御阵地，制造恐慌，进而影响联盟的稳定与发展。”
王凯旋站起身，眼神中闪过一丝杀意：“这些黑暗余孽真是死不悔改！既然他们主动送上门来，我们正好趁机将其彻底清剿，永绝后患！建议联盟启动‘全域清剿计划’，派遣联合舰队分三路出击，同时对三个星系的黑暗余孽发起攻击，将其一举歼灭！”
田浩然点点头，做出决定：“同意王凯旋总指挥的提议。启动‘全域清剿计划’，派遣三支联合舰队，分别由王凯旋、凯伦、赵宇率领，分三路出击，清剿三个星系的黑暗余孽；霍仙姑带领秘术团队，为三支舰队提供远程净化支援；各边境防御阵地加强警戒，防范黑暗余孽的突袭与逃窜；新加入的四大文明也派遣部分战力参与清剿，熟悉联盟的作战模式，提升协同作战能力。”
“收到！”
会议结束后，联盟的全域清剿行动正式启动。三支联合舰队迅速集结，每支舰队由两百艘宇宙和平级战舰、五十艘探测舰与三十艘补给舰组成，配备了最先进的武器系统、净化设备与通讯设备。新加入的四大文明也派遣了精锐战力加入舰队：绿藤文明的植物防御部队负责构建战场防御阵地；岩晶文明的工程部队负责快速搭建临时防御堡垒；鸣音文明的声波部队负责干扰黑暗余孽的通讯与心智；灵愈文明的医疗部队负责战场医疗支援。
王凯旋率领第一支舰队，前往距离联盟核心区域最近的黑渊星系，清剿混沌暗族的残余势力。黑渊星系环境恶劣，布满了黑色的星云与小行星带，黑暗余孽隐藏在星云深处，利用复杂的地形进行隐蔽。
“启动鸣音干扰波，干扰黑暗余孽的通讯与雷达！” 王凯旋下令。
鸣音文明的声波部队立刻启动设备，一道无形的声波扩散开来，黑暗余孽的通讯系统瞬间受到干扰，雷达屏幕一片混乱。
“启动探测设备，锁定黑暗余孽的位置！绿藤文明的部队构建植物防御阵地，防止黑暗余孽逃窜！”
探测舰的设备全力运转，穿透黑色星云，精准锁定了黑暗余孽的藏身之处。绿藤文明的植物种子被投放到星云周边，快速生长为茂密的植物网络，形成一道天然的封锁线。
“所有战舰，全力开火！净化炮与能量炮同时发射！”
联合舰队的主炮同时开火，银白色的三元融合能量、淡紫色的星云能量与金色的圣光能量交织在一起，形成一道密集的火力网，狠狠砸向黑暗余孽的舰队。黑暗余孽的战舰虽然进行了抵抗，但在联盟强大的火力与净化能量面前不堪一击，一艘接一艘被摧毁，黑暗能量被快速净化。
与此同时，凯伦率领的第二支舰队在枯寂星系清剿暗蚀族残余势力，赵宇率领的第三支舰队在幽冥星系清剿噬能族残余势力。两支舰队采用了类似的战术，在新文明战力的配合下，对黑暗余孽发起了猛烈攻击。
岩晶文明的工程部队快速搭建起临时防御堡垒，为舰队提供了稳固的火力支撑；灵愈文明的医疗部队在战场后方设立了临时医疗站，快速救治受伤的战士；联合舰队的净化系统全力运转，不断净化黑暗能量的污染。
黑暗余孽的反扑很快就被瓦解，他们试图突围逃窜，却被联盟舰队与新文明战力构建的封锁线牢牢阻挡。经过三天的激烈战斗，三支联合舰队分别歼灭了各自目标星系的黑暗余孽，五百艘黑暗战舰被全部摧毁，没有一艘能够逃脱。
清剿行动结束后，联盟舰队在各