他在信中写道，自己的父母和兄弟姐妹都住在武汉市武昌区的工人新村，让木子怡带着女儿去找他们，若是找不到，就请警察帮忙带路，相信家人会收留她们。他还表达了对木子怡的愧疚，感谢她这些年的陪伴和照顾，坦言自己很珍惜和她在一起的日子，可一切都已经无法挽回。他劝木子怡还年轻，以后找个好人嫁了，好好抚养女儿长大，忘了他这个罪人。
11月16日上午，在警方的安排下，马汉庆在看守所见到了妻子和女儿。他戴着沉重的手铐，身边有多名民警贴身看守，民警紧紧架着他的胳膊，防止他情绪失控，劫持人质作最后的挣扎。看着女儿稚嫩的脸庞，马汉庆强忍着泪水，温柔地对她说：“宝贝不要害怕，这是在拍电影，爸爸很快就会回家。”
这场见面只持续了十分钟，上午11点10分，见面结束。马汉庆被民警带出看守所，随后被押往机场。由于案情特殊，民航部门破例允许警方押解他乘坐飞机，六名民警全程贴身看守，确保飞行安全。当天凌晨，押解马汉庆的飞机抵达乌鲁木齐国际机场，他戴着黑色头套，被民警押下飞机，送上等候多时的警车，正式开启了他的末路归途。
在新疆看守所的日子里，马汉庆渐渐放下了抵触情绪，开始接受记者的采访。他坦言，自己最后悔的事情，就是案发当天没有买报纸，若是看到通缉令，他肯定会立刻逃跑，也不会落得这般下场。他甚至自嘲，自己连马加爵都不如，至少马加爵懂得关注新闻，不会在这种关键问题上出错。
他还饶有兴致地评价起其他悍匪，说自己不如陆建洲，对方才是真正的孤胆英雄，能独自多次抢劫运钞车，而自己只能选择抢劫个人，胆量和能力都不及对方。但他又表示自己看不起白宝山，觉得对方没什么了不起，不过是抢的钱比自己多，只是运气比他好而已。他认为白宝山连大事都干不了，还要找同伙帮忙，最后栽了也是必然，根本不配被人推崇。这番言论荒诞又可笑，没有人愿意和他争论，只当是他临死前的自我安慰。
在看守所的十三个月里，马汉庆像大多数悍匪一样，不分白天黑夜地反复琢磨自己落网的原因，回忆整个案件的细节，寻找自己的失误之处。他觉得自己是因为安稳日子过久了，放松了警惕，才没有发现警方的埋伏，而且在三亚待了八年太久，早就应该换个地方藏匿。他也承认，自己在新疆作案时留下的线索太多，加上运气不佳，最终才难逃法网。他常常感叹命运的无常，却从未真正反思过自己的罪行。
他的情绪时好时坏，常常莫名发火，讨厌身边的所有人，尤其是记者。他觉得自己的案子没必要这么兴师动众，不就是杀了七个人，抢了几十万块钱，全国媒体却争相报道，就是想把他当成反面教材，让全国人都看他的笑话。随着死刑执行的日子越来越近，他内心的恐惧也越来越深，他开始害怕死亡，后悔自己当初的所作所为，可一切都已经无法挽回。他贪恋这世间的一切，尤其是对女儿的牵挂，让他格外痛苦，可他手上沾满鲜血，早已没有回头路。
2005年6月21日，乌鲁木齐市中级人民法院公开审理马汉庆一案。庭审持续了六个小时，面对公诉机关指控的所有罪行，马汉庆全部认罪，回答问题时语言简单到了极致，要么点头称是，要么只说“对”“是这样”。唯独在两个问题上，他进行了反驳，一是关于之前案件中涉及的114件衣服，二是新疆第二次抢劫所得的金额，他辩称当时只抢了4万7千元，并非警方指控的数额。
庭审最后，进入民事赔偿环节。被马汉庆抢劫杀害的热河曼·买买提的妻子，用维语向他提出217万元的赔偿要求。马汉庆听不懂维语，在民警翻译后，他苦笑着摇了摇头，语气无奈地说：“这不可能，我要是有钱，肯定愿意赔偿。可我现在一无所有，只能用这条命来赔了。”
被他重伤的谢利普，也向他提出了86.9万元的赔偿要求，用于支付自己的医疗费和后续康复费用。马汉庆听后愣了一下，沉默片刻后，只说了一句“对不起”。谢利普见状，退而求其次，要求他归还被抢的10万元，可马汉庆依旧一言不发，他确实没有钱可以偿还。最后，马汉庆在法庭上进行了简短的忏悔，承认自己的罪行不可饶恕，对不起社会，对不起所有受害者及其家属，这番话，也算是给了受害者家属一丝微薄的安慰。
2005年7月14日，乌鲁木齐市中级人民法院作出一审判决，判处马汉庆死刑，剥夺政治权利终身。宣判后，马汉庆当庭表示不上诉，接受判决结果。12月21日，也就是执行死刑的前一天，法警来到看守所，问他还有什么遗言。马汉庆说了一些忏悔的话，再次提出想见一见家人。
他的请求得到了批准，当天下午，他的哥