皇城司直接归属於皇帝管理，其下最高主管名为提举皇城司，通常设4员，由宦官和武臣各2员担任，以实现內外製衡。
在提举皇城司身边，还配备有数名干当皇城司为副手，协助提举官处理具体事务。
在提举官之下，分为亲从官和亲事官。
亲从官是皇帝的贴身卫队和宫城守备力量，职责最核心，地位也较高。
其下分为五个指挥，，职责与守卫区域涇渭分明。
亲从官第一指挥与亲从官第二指挥，主要负责宫殿外墙的东面诸门的守卫与巡查。
亲从官第三指挥与亲从官第四指挥，主要负责宫殿外墙的西面诸门的守卫与巡查。
亲从官第五指挥是最核心的指挥，负责宫殿內部及各大殿门的守卫，在皇帝出行时，他们也承担最贴身的扈从任务。
亲事官是皇城司的“外勤”人员，主要负责侦察、刺探、缉捕等特务活动。
其下分为六个指挥，根据活动范围可分为两类核心侦察力量与外围侦察力量。
亲事官第一指挥与亲事官第二指挥，主要负责在宫城之內进行巡查、稽查违禁，並执行一些內部的侦察任务，是核心侦察力量。
亲事官第三指挥至第六指挥，主要负责在京城內外的市井街巷活动，是外围侦察力量。
他们身著便衣，混跡於酒肆、茶馆、妓院等公共场所，监视官员军民言行，搜集各类情报。
而在亲从官和亲事官之外，还有探事司和冰井务两个下属机构。
其中探事司是亲事官系统中的便衣侦察队，是特务中的精锐，专门负责执行最隱秘的监视和刺探任务。
至於冰井务是一个非常具有宋代特色的后勤部门，负责管理冰窖，在夏季为宫城提供冰块降温、冷藏食物，同时也负责宫城內相关设施的维护。
此外为了保证皇城司的秘密不被外泄，其內部还有独立的法司、医人、书写人、各类工匠及杂役等。
这一次，赵构为了调查秦檜之死，便是直接出动了最精锐的探事司。
由亲事官都头带领一百名逻卒將整个秦府包围后，探事司的干事才带著二十五名探事入內进行调查。
探事司的人，全部都以黑巾蒙面，不以真面目示人。
他们仔细询问过甚至审问过秦府內的每一个下人，又里里外外搜索了整个宅院。
这件事情闹得很大，毕竟那一百名逻卒封锁秦府可是毫不掩饰。
这一下子让原本以为没有什么事的黄丹，心再一次揪了起来。
为什么现在还会派出探子，不会是他们发现了什么吧，而且他们已经查了三天了，怎么还不结案————
黄丹心里很慌，以至於他这几天为人看病的时候，都有些分神，想著自己是不是出去躲几天为好。
实际上黄丹所不知道的是，另一边的探事司也有些麻爪。
因为在他们入內审讯那些下人之后，秦檜的一名隨从和一名家丁，竟然服毒自杀了！
这样的行为，简直就是不打自招，直接向探事司表明这秦府內有问题。
於是探事司里里外外又对秦府搜查了一遍，別说还真的又有所发现。
他们在秦府柴房內发现了一个暗格，打开后才发现里面的东西竟然已经被烧毁了。
通过现场还原来看，是有人將火种直接丟入暗格內，让里面的东西在內部燃烧。
也正是使用这种手法，才能够在探事司的眼皮底下，將这些东西销毁。
而在探事司接管秦府后，曾经接近过柴房的人，就有那个已经服毒自杀的隨从。
从灰烬上看，暗格內存放了许多书信，但此时被火一烧却是只剩下了灰烬。
这在一般的情况下，可能很难从中找到有用的线索了。
可问题在於，留下这些书信之人的身份不一般，乃是之前的大宋宰相秦檜。
其平日里书写所使用的墨，乃是最顶尖的墨，製作所用的烟料、用胶、添加剂和加工工艺都是最顶尖的。
这些好墨选用的是最纯净、最细腻的松烟或油烟。
这些烟料的本质就是无定形碳，碳的化学性质非常稳定，在不充分燃烧中並不会消失，反而会留下清晰的碳跡。
再加上好墨中使用的是上等的动物胶，其会在高温下会迅速碳化、燃烧，而它包裹著的、极其致密的烟料层则会被保留下来。
此外好墨中还会加入香、冰片、珍珠、金箔、硃砂等等辅料，使得墨中融合了一定量的金属，其在普通火焰下也会保留痕跡。
因此，这些好墨所书写的纸张，在被燃烧后是会在灰烬上留下痕跡的。
而这也是验证一块墨，是好是坏的其中一个方法。
也正是得益於秦檜书写时所用