每个星云府，常驻一个标准“军”的兵力（10亿）。 该军军部与“星云府”军政司通常合署办公，军长兼任军政使，但军事指挥体系保持独立垂直。驻军不仅负责防务，也作为重要的社会稳定力量，并在必要时协助“统民司”进行大型工程建设或救灾，“监政司”执行特殊勤务。
第二级：云系府。
鉴于星云数量过于庞大，为加强区域统筹协调、提高管理效率、并应对可能跨越星云的区域性事件（如大规模混沌侵袭、跨星云犯罪、重大经济项目），在星云府之上，设立“云系府”。
通常，每一百个左右地理相邻、经济文化联系密切的星云，组成一个“云系”，设立一个“云系府”。 云系府并非星云府的直接上级，而是更高层级的区域协调、统筹与监督机构，其职能与下设部门，与星云府类似，但管理范围和权限更大。
云系府同样分设三府（为示区别，不称“司”）：
1. 统民府： 统筹整个云系内的宏观经济发展规划、跨星云重大基础设施建设、资源战略调配、高等文教与科研中心布局、以及协调解决各星云府“统民司”无法独立处理的区域性民生问题。府主称“统民总督”，从一品或正二品。
2. 军政府： 统辖驻扎于本云系的一个标准“集团军”（100亿兵力），负责整个云系范围内的战略防务规划、大型军事演习组织、跨星云联合剿匪或作战行动指挥、协调各星云驻军的后勤与支援。府主称“军政总督”，通常由驻防该云系的“集团军”司令（上将）兼任，权责更重。
3. 监政府： 负责对整个云系内所有“星云府”三司、及云系府自身“统民府”、“军政府”官吏进行监察；审理跨星云重大案件；进行区域性财政审计与社会风险综合评估。府主称“监政总督”，通常为从一品，由中央直派，权势极重，拥有对云系内所有官员（包括军政总督）的先调查后奏之权。
云系府三府之间的关系，与星云府三司类似，平行、制衡、协作。 其对下主要行使指导、监督、协调之权，一般不直接干预星云府具体事务，但在紧急状态或涉及跨星云事务时，拥有决断权。
每个云系府，常驻一个标准“集团军”的兵力（100亿）。 该集团军是云系范围内的战略机动与威慑力量，下辖的各“军”分散驻扎于下属各星云，集团军司令部直属力量则作为核心预备队，驻于云系府所在的核心星云。
中央与地方关系：
“祖地”及少数特别重要的核心星域（如“绝渊守望”所在），由中央直辖，不设“星云府”或“云系府”，其治理模式另行规定。
“星云府-云系府”体系，构成了联盟地方治理的主干。中央机构（如“天工部”、“万商会”、“文渊阁”、“枢密院”、“最高监察院”等）通过立法、政策指导、资源调配、人事任免（尤其是“监政”系统）、以及“万象”网络的垂直信息通道，对地方保持强有力的宏观调控与监督。地方则在“三司/三府”框架与中央法律政策范围内，享有较大的自主治理空间，以应对本地化的复杂情况。
军事体系的融入：
此次行政改革，与之前的军事改革实现了无缝衔接。“军”驻扎“星云府”，“集团军”坐镇“云系府”，使得军事力量与行政区划、人口分布、经济重心紧密结合，形成了“军府一体、以武卫政、以政养军”的良性循环。驻军不仅保境安民，其庞大的后勤需求与人员消费，也能有效拉动地方经济；而地方“统民司”的民生与经济发展成果，则为驻军提供了稳固的后方与资源支持。“监政司/府”的存在，则确保了军地关系的健康发展，防止军队干政或地方势力渗透军队。
推行与挑战：
“定鼎”诏令与详细的实施方案以最高规格颁布，并通过“万象”网络、各级宣传机构与新组建的“文治宣讲使”队伍，迅速传递到联盟的每一个角落。尤其是新收复的、亟待建立秩序的广袤星域，这套清晰、系统、制衡的治理方案，如同久旱甘霖，为混乱的社会注入了秩序与希望。
“天工”与“文教”部门开足马力，在“万象”辅助下，结合星图、资源分布、人口数据、文明聚类分析，以惊人效率完成了超过五千个“星云府”和五十余个“云系府”的疆域勘定、府治选址、及初步的机构搭建蓝图。
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