见陆师全线崩溃，朱成功只得命参军户官潘庚钟站在黄盖下面，自己率领亲随卫士赶往江边调水师。然而败局已定，有限的水师既要保护随军眷属，又要为撤退留下后路，再无力量扭转形势。清军乘战胜之威进攻朱成功的黄盖所在，潘庚钟力战阵亡。至此，南京之战完全失败。

    二十五日，朱成功率领败军乘船到镇江；二十八日，主动放弃镇江、瓜州等城市，退出长江口；八月初四，郑军退到吴淞；初七，这位不肯服输的枭雄将兵船集中于平洋沙、稗沙一带，打算攻占崇明县城，控制长江出海口，以图下回再来。初十日，郑军攻打崇明，然而大败之后，军心动摇，部将韩英、王起俸被火铳击伤而亡。不得已之下，只得含羞忍辱，传令班师。

    长江战役虽然以失败告终，却使清廷统治者闻风丧胆，也让各地的复明志士恢复了信心。此后，郑军退保金、厦，虽然有大海作凭仗，但“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚？”面对困局，这位国姓爷不得不将目光转向隔海相望的台湾。(本章完)