由此李德裕得出治本之论：频繁迭代宰辅、坚持政在中书，既保障中枢权责完整、政务有序，又杜绝权臣固化、朋*党滋生，是固本清源、长治久安的根本之策。
武宗全盘采纳其治国方略，确立了尊相而不纵相、抑宦而不乱政的完美中枢平衡：既彻底恢复中书省裁决政务、统领百官的核心职权，让宰相有权有责、实心辅政；又通过任期限制、制度制衡，防范宰相权力过度膨胀、滋生专权朋*党。这套刚柔并济、权责平衡的中枢制度，彻底修复了晚唐崩坏的政治架构，让朝堂运行重回正轨。
会昌末年，武宗再度深化中枢改革，下诏恢复中书舍人参与台阁常务、参议朝政、核查政令的核心职权。中书舍人执掌诏令草拟、政务审议、百官文案核查，是中书省核心职官。此前百年，其职权被宦官、枢密使逐步侵夺，形同虚设。此次职权恢复，进一步完善了中书省的政务闭环，细化中枢决策、审议、执行、核查流程，成为武宗一朝强化相权、规整中枢的又一重要制度举措，南衙文官集团的整体声威与执政能力大幅提升。
中枢体制规整之后，武宗与李德裕将改革触角下沉，直指晚唐吏治腐败的根源——仕途泛滥、铨选混乱、官吏素质低下、寒门无进路、豪门垄断仕途。
唐末名臣刘允章曾直陈晚唐弊政，将仕途太滥列为社稷巨患；北宋史学家范祖禹亦评价，晚唐亡国之祸，藩镇割据、宦官专权之外，吏治冗滥、官风败坏乃是核心隐患，其危害丝毫不亚于藩镇与宦祸。晚唐以来，科举浮薄、门荫泛滥、地方滥奏官缺、冗官遍地，大量庸官、荫官尸位素餐，不仅空耗国库财政、加重百姓负担，更滋生层层贪腐、败坏地方吏治，彻底动摇王朝统治根基。
为正本清源、净化官僚队伍、从源头整顿吏治，李德裕主持、武宗下诏推行全方位铨选改革，严控官吏选拔入口、严管官员任职流程、约束特权入仕渠道，系统性重塑晚唐选官制度。
其一，严格进士覆试制度，精简录取规模，拔擢真才、裁汰浮薄。
唐代进士科是朝堂选官核心渠道，本为吸纳人才、充盈官僚队伍的良制。但时至晚唐，进士科风气败坏、浮华成风，士子重辞藻、轻实学，攀附权贵、奔走门路，科考徇私舞弊、虚浮不实之风盛行，史载“进士科当唐之晚节，尤为浮薄，世所共患也”，大量不学无术、钻营投机之徒借此入仕，严重拉低官僚队伍素质。
针对科考积弊，会昌三年（843年）正月，武宗正式颁下敕文，重构进士录取规则：废除此前固定录取名额的僵化制度，推行唯才是举、宁缺毋滥的原则，同时严控规模，每年进士录取不得超过二十五人。不再以定额取人，只凭真才实学甄别录用，杜绝凑数录取、人情取士的乱象。
这一改革精准打击了晚唐科举浮华徇私的积弊，有效遏制权贵子弟徇私登科的门路，真正实现抑退浮薄、奖拔孤寒，让寒门实才得以跻身仕途。同时朝廷增设殿试覆试环节，所有及第进士必须经过中枢覆试核验，严查舞弊、甄别真伪，大幅提升铨选质量。
会昌四年（844年），尚书左仆射王起主持贡举，初录二十五人，又续奏五人有才堪用，经中枢严格覆试之后，仅核准一人合格，其余尽数裁汰；会昌五年（845年）二月，谏议大夫陈商知贡举，初放及第三十七人，三月户部侍郎白敏中奉旨覆试，直接覆落七名浮薄无实才者。层层严格覆试、从严裁汰，彻底净化了科考风气，大幅提升新晋官员的学识素养与理政能力，官僚队伍整体质量显著改善。
其二，规范新科进士实授流程，增设基层历练，杜绝骤登高位、脱离民情。
晚唐官场一大通病，便是进士及第即刻授以清要美官，士子常年闭门苦读、专攻辞赋，从未亲历基层、不知民生疾苦、不懂州县政务，一旦为官，便极易“苟从知己，不念蒸民”，脱离百姓、空谈政务、庸碌误民。
为根治此弊、培养实干官员，会昌二年（842年）四月，武宗下诏重申并细化铨选规制：严格沿用太和旧制并加码落实，所有新晋及第进士，一律先行授予州府参军、紧县县尉等基层职务，必须历经两考任期、基层历练，政绩合格、通晓民情、熟谙政务者，方可举荐升迁、授以实职高位。严禁新晋官员未经基层历练便越级奏授美官、身居清要。
这一制度强制让科举出身的文官下沉基层、体察民情、磨砺政务能力，从根源上杜绝空谈误政、浮薄为官的弊病，为会昌朝培育出大量务实清廉、通晓民生的实干型官僚。
与此同时，朝廷严格限制诸道藩镇、地方官府滥奏官缺。晚唐地方藩镇为培植私党、收拢人心，大肆自行奏授僚属、私设官职，不仅侵占了中央选部职权、消解中央权威，更造成冗官泛滥、国库空耗、私门恩重、朝廷权轻的乱象。
武宗朝明确划定规制：淮南、两浙、宣、鄂、洪、潭