对于卫所、镇协官军的指挥权予以解除，不再向内地督抚再发放王命旗牌了，各都司和镇协官军都直接听命于朝廷，尤其是内地的官军，只要沿边沿海的督抚，由于要承担边海防的重任，给王命旗牌，用于在限定的区域调度指挥限定的官军，不得超越职权范围，不得随意弹劾、处置军官。这点也是很重要的。