行都司属后军都督府，福建行都司隶属前军都督府，陕西、四川行都司隶属右军都督府，在之前的朝廷改革之中，将部分行都司属地化了，如陕西行都司改为甘肃都司，但是现在朱载坖要重新恢复部分地区的行都司。

    通过这些行都司，加强朝廷对边疆地区和战略要地的军事控制，其"以武卫疆"的特征在九边防御体系中发挥重要作用。