仕后，林希元对地方事务的干涉力度更大。同安遭袭时，朱纨调动乡兵，林希元竟然“不容调发”。其后，又“建议搜检一城居民”，甚至妄称“赤岭之贼，旗帜满山”。

    这些都是已经很清楚的事情，现在要惩处林希元，这点是很清楚的事情，但是为朱纨昭雪一事，就比较复杂了，首先就是朱纨擅杀一事，其实是很清楚的，非要为之辩白，也很困难。